Atrialla on tehty pitkäjänteisesti töitä, jotta soijan käyttöä eläinten ruokinnassa on saatu korvattua kotimaisilla valkuaislähteillä. Atrialla on oma kotieläinrehuja valmistava yhtiö A-Rehu. Atrialaisen ketjun eläinten ruokinta perustuu valtaosalta kotimaiseen tilan lähellä tuotettuun rehuun. Soijan osuus on ruokinnassa marginaalinen. Naudan ja Atria perhetilan lihasikojen ruokinnassa soijaa ei käytetä lainkaan. Siipikarjan rehuissakin soijan osuus on puolet pienempi eurooppalaiseen broileriin verrattuna. A-Rehu käyttää siipikarjarehuissa ja vielä toistaiseksi porsaiden rehuissa valkuaistäydennyksenä soijarouhetta. Atrian tavoitteena on edelleen vähentää ja mahdollisuuksien mukaan luopua soijan käytöstä kokonaan eläinten ruokinnassa.
Pro Terra-sertifioitu soija on geenimuuntelematonta ja sen tuotannossa sitoudutaan kestävään tuotantotapaan ja sademetsien suojeluun. RTRS-sertifioinnin saanut tuotanto huomioi mm. seuraavat asiat: työntekijöiden oikeudet, maankäyttöoikeudet, pienimuotoisen ja perinteisen maankäytön huomioiminen, paikallisen väestön hyvinvointi, biologisen monimuotoisuuden suojelu, veden käyttö, maaperän viljavuus, torjunta-aineiden käyttö sekä vaikutus infrastruktuuriin.
Suomeen eläinrehun raaka-aineeksi tuotava soijarouhe on kasviöljyteollisuuden sivutuote. Jo yli 80 prosenttia maailman soijantuotannosta on muuntogeenistä ja geenimuuntelemattoman soijarouheen saatavuus heikkenee kaiken aikaa. Geenimuuntelemattoman soijarouheen vaikean saatavuuden ja edelleen sen hinnan ennustettavuuden vuoksi suomalaisilta lihantuottajilta ei voi tällä hetkellä edellyttää ehdotonta sitoutumista geenimuuntelemattoman valkuaistäydennyksen käyttöön. Toistaiseksi emme erottele lihantuotantotiloja sen perusteella käyttävätkö ne muuntogeenistä rehuraaka-ainetta ruokinnassa.
Hyväksytyt muuntogeeniset ainekset eivät vaikuta haitallisesti ihmisen, eläimen tai ympäristön terveyteen. Kasvien DNA hajoaa eläimen ruuansulatuselimistössä ja lukuisat tutkimukset osoittavat, että GM -rehulla ruokituista eläimistä ei ole löytynyt jäämiä muunnellusta DNA:sta. Tutkimusten mukaan GM-rehulla ruokitut eläimet olivat yhtä terveitä ja hyvinravittuja kuin verrokkiryhmä.